Seminários de AstroProgramação

Ás vezes queremos aprender novas linguagens de programação, mas pela falta de tempo acabamos não conseguindo. Para acelerar o processo de aprendizado, está acontecendo no Departamento de Astronomia da UFRGS os Seminários de AstroProgramação: uma série de palestras informais, cada uma devotada a uma linguagem de programação diferente, com foco nos astrônomos.

A proposta é que a cada semana, um voluntário dê uma palestra a respeito das virtudes da linguagem de programação de sua escolha. Cada palestra deve apresentar um exemplo simples de programa (tipo "hello world"), bem como alguns códigos-fontes um pouco mais sofisticados que demonstrem a sintaxe básica etc. A duração das palestras é semelhante a de um seminário de grupo.

As linguagens abordadas foram: IDL, Perl, Python, C, Fortran 90, PHP, programação orientada a objetos com C++, paralelização (MPI) e Tcl/Tk.

Os slides apresentados nas palestras, bem como material adicional (códigos-fontes etc) estão disponíveis nesta página.



Changelog:

• 23 Abr 2010: adicionei Tcl/Tk à lista.
• 11 Jul 2010: removi OpenMP da lista.

Inkscape: powerful tool to edit plots and PDF files

The free graphics editor Inkscape is a powerful PDF editor. It can be used to change / enhance figures embedded in PDF documents, without the need of having the source data using to produce the plot.

Suppose there is a given plot in a paper and you want to use it in a talk or another document. Suppose that you would like to change the color of a line, or make the points thicker etc. That is easy with Inkscape. If the plot was embedded in the PDF including vectorial data, then you can change all its properties by opening the PDF file in Inkscape, making the changes (the interface is intuitive) and then exporting it as a PDF, PNG etc.

Inkscape is available for Mac OS X, Linux and Windows.

Recovering deleted pictures from a memory card

A friend of mine recently deleted by accident around 700 pictures from a memory card in her Sony digital camera. She asked for my help and I thought that it would be an easy task to recover the pictures. I played with different programs aimed at data recovery, some of them tuned specifically for photo recovery. Here is a description of the different programs that I used and the results.

I've got several suggestions from colleagues of recovery software to try in linux and windows. I also found that this list of free data recovery programs at lifehacker was very useful.

This tutorial assumes that the memory card is formatted with the filesystem FAT16 (default filesystem in memory cards). The first thing you need to avoid is to write any data to the device where the deleted files were stored.

You should create an image of the device as soon as possible, in case anything goes wrong. In Linux that is pretty easy. Assuming that the memory card is mounted as /dev/sdb1, you need to issue the command
sudo dd if=/dev/sdb1 of=backupcard.img

I tried the following free software (ordered according to my taste): Recuva (win), recoverjpeg (linux/mac) and PhotoRec (win/linux/mac) (recoverjpeg and PhotoRec are available in Ubuntu via Synaptic). I also tried the commercial alternatives Stellar Phoenix Recovery (win) and Nucleus Kernel FAT (win). The latter two programs gave the same results as the three free programs listed above, so no need to pay for them.

The first program I tried was Recuva. It immediately recovered all the deleted files. Unfortunately most of the recovered pictures were corrupted or broken. By corrupted I mean that the pictures have one or more of the following "features":

• Pictures split in two or more parts
• In between a picture there is part of another photo
• Colors changed

I would say that only 1/7 of the deleted pictures were successfully restored, and the rest had the problems specified above. I tried to fix these problems using JPEG Recovery (win), which allegedly would fix the corrupted pictures but got no success.

recoverjpeg gave the same results as Recuva: restored all the photos, but only ~1/7 of the original files were successfully recovered with no problems.

PhotoRec only recovered the ~1/7 pictures that had no problems, ignoring the other corrupted files.

My conclusion: if you use windows try Recuva. If you are a Linux user, try recoverjpeg. And please check this list of Five best free data recovery tools.

TexMaker

Estive com problemas no uso do kile (editor de latex) no gnome. Uma boa alternativa é o texmaker, que roda muito bem no gnome e tem funcionalidades similares as do kile.

IDL for astronomers

I found an interesting blog entry that summarizes the basics of IDL for scientists. I personally think that IDL is much superior, regarding its resources for data analysis and plotting, than programs like Supermongo, Xmgrace (and its flavors), gnuplot and even Origin. The shortcoming is that IDL is not free and quite expensive, but you get what you pay for. I am curious though to learn how Python, supplemented with additional libraries, compares to IDL in this respect.

If you want to learn more about IDL, google for "idl tutorials" and check this guide of IDL for astronomers. The documentation (tutorials) included with IDL are also a nice way to start learning.

In addition, there are some pretty useful IDL libraries for astronomy that I listed.

Nota: a partir de agora vou passar a escrever alguns dos meus posts em inglês. Assim, algumas das informações compartilhadas neste blog poderão ser de utilidade a uma comunidade mais ampla.

Solved: Gemini PIT does not work in Ubuntu Linux (recent versions)

Some people noticed that the Gemini PIT (phase I tool) does not work well with some of the most recent versions of Ubuntu linux. What happens: you try to run PIT, but is welcomed by a blank window.

I found out that this problem happens because PIT is not compatible with the resource Compiz available in the most recent versions of linux. The goal of compiz is to make your desktop prettier, looking more like a Mac OS X. The solution is to temporarily disable compiz while you have to submit your observation proposal using PIT.

To temporarily disable compiz, there are two ways that occur to me:

1. In Gnome: System -> preferences -> appearance -> visual effects, set none.

2. Use the program Compiz-switch, which is what I did.

The same trick also works for the Observing Tool (Gemini OT) program.

Solucionado: Gemini PIT não funciona no Ubuntu Linux (versões mais recentes)

Algumas pessoas que estão encaminhando pedidos de tempo com o Gemini notaram que o Gemini PIT (phase I tool) não se entende bem com as versões mais recentes do Ubuntu. O que acontece: você tenta rodar o PIT, mas é agraciado com uma janela em branco.

Descobri que este problema ocorre pois o PIT é incompatível com o recurso Compiz presente nas versões mais recentes do linux, que serve pra deixar o sistema mais bonito. A solução é desativar temporariamente o compiz enquanto você tem que usar o PIT.

Pra desativar temporariamente o compiz há duas maneiras que me ocorrem:

1. No Gnome: System -> preferences -> appearance -> visual effects e botar none.

2. Usar o programa Compiz-switch, que foi o que eu fiz.

Como salvar a lista de pacotes no ubuntu e usar ela para re-instalação posterior.

Várias vezes passamos pelo problema de querer ter duas máquinas com a mesma instalação do linux (ubuntu, no caso) ou de simplesmente recuperar a instalação padrão anterior.

Para isso rode o comando:

sudo dpkg --get-selections | grep -v deinstall > packagelist

Esse comando salvará o nome de todos os pacotes instalados no arquivo packagelist.

Depois abra o synaptic, com o comando:

sudo synaptic

Agora, vá em file depois em read markings e selecione o arquivo packagelist e pronto, é só clicar em instalar.

Espero que estas dicas sejam úteis.

Segue abaixo uma descrição do problema e de soluções "alternativas" a esta.
fonte: http://www.inportb.com/wp/

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HOW TO: on Ubuntu, save the package list and use it to
reinstall packages later

(This tutorial will work for any Debian-based system,
including Ubuntu.)

Have you ever wanted to save a list of software
installed on a Debian box and reinstall the same
packages after reinstalling Debian? Have you ever
wanted to install on a Debian box the same software
you have installed on another Debian box? I've
recently had to reinstall my system from scratch, and
the following may help you as well.

(This is also posted on my blog at
http://www.inportb.com/wp/)


Generate the Package List

Let's first save the current package selection states:

Quote
$ dpkg --get-selections | grep -v deinstall > packagelist

Now we have a compact list of installed packages in a
file called "packagelist". Let's store this so that we
could retrieve it from our other Debian installation.
Or we could email it to ourselves using mailx:

Quote
$ cat packagelist | mailx -s "packagelist" user@example.com


Reinstall the Packages

To restore our packages, let's first restore the
package selection states:

Quote
$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get dist-upgrade
$ sudo dpkg --set-selections < packagelist

Now let's actually install it all:

Quote
$ sudo apt-get -u dselect-upgrade


Restore the System

What if we wanted to restore our system to an earlier
state by installing everything that's on our list and
uninstalling everything that's not? We can do that
too, but we need to be careful because this may entail
a radical change. Before restoring our package
selection states, we're going to deselect every
package, thereby marking them for uninstallation:

Quote
$ sudo dpkg --clear-selections
$ sudo dpkg --set-selections < packagelist

Now, every package not on our list has been deselected
and everything on our list has been selected. Let's
commit the changes:

Quote
$ sudo apt-get -u dselect-upgrade

If we wanted to remove the configuration files of the
uninstalled packages, we'd do the following instead:

Quote
$ sudo apt-get -u dselect-upgrade --purge

Please don't forget to restore the package selection
states before running apt-get, or the whole system
would be uninstalled!

Dicas para redação da sua tese/exame/dissertação

Pessoal, agora que recém terminei de escrever a minha tese, vou tomar um tempinho pra dar umas dicas sobre como elaborar a sua tese de doutorado/exame de doutorado/dissertação de mestrado com o LateX.

Infelizmente o IF não possui um modelo padrão para elaborar a tese. O modelo de tese latex que tem circulado entre os alunos há alguns anos foi inicialmente elaborado pelo Irapuan Rodrigues, quando ele escreveu a sua tese em 1999. Posteriormente, quando escrevi a minha dissertação e posteriormente a tese, introduzi algumas pequenas melhorias no template do Irapa. Aos alunos do IF-UFRGS: quem quiser este template com as atualizações, é só me mandar um e-mail.

TESE-MAIN.TEX

O arquivo principal é o tese-main.tex, que delineia a estrutura geral da tese. Nele você define:
- qual o tipo de documento a ser gerado: dissertação (mastersthesis), tese (phdthesis) ou exame (exame)
- quais os pacotes latex que você vai precisar
- informações da tese: título, autor, orientadora etc
Na parte final do arquivo, você define a ordem em que os capítulos e apêndice(s) vão aparecer editando os comandos

\include{tese-capX}

onde tese-capX é o texto contido no arquivo tese-capX.tex. Eu sugiro editar cada capítulo em um arquivo tex separado. Caso um destes arquivos seja corrompido (por exemplo, devido a uma queda de luz), pelo menos a tese toda não é perdida.

ARQUIVOS *.STY, *.CLS

Os arquivos ifnatbib.sty, isolatin1.sty, stdclsdv.sty, iftese.cls, natbib.sty, tocbibind.sty definem as propriedades da formatação da tese. Recomendável não editá-los, a não ser que você realmente saiba o que está fazendo.

BIBLIOGRAFIA USANDO BIBTEX

O arquivo tese-refs.bib contém a bibliografia do documento no formato bibtex. Você vai que copiar e colar neste arquivo a entrada bibtex de cada artigo/livro etc que você cita no corpo da tese. Uma maneira fácil de obter as referência no formato bibtex é acessar a página do ADS, achar o artigo desejado - por exemplo este aqui ;) - e procurar o link "Bibtex entry for this abstract". É possível também listar as entradas bibtex para vários artigos ao mesmo tempo no ADS, selecionando a opção "BIBTEX reference list" no campo FORMAT da página do ADS.

Quando o artigo tiver sido publicado nas revistas usuais da astronomia (ApJ, A&A, MNRAS), tome o cuidado de alterar o campo na entrada bibtex fornecida pelo ADS de

journal = {\mnras}

para

journal = mnras (retire as chaves)

Desta forma, o nome da revista correspondente vai aparecer automaticamente, e você não vai precisar escrever o nome da revista por extenso na entrada bibtex.

Quando você altera o arquivo tese-refs.bib, simplesmente "latequear" a sua tese não vai atualizar a lista de referências resultante no arquivo DVI. É necessário também rodar o comando bibtex e depois latequear. Você pode rodar o shell script make.sh (sh make.sh) que faz isto automaticamente.

Update: Sobre as referências Bibtex, há uma dica quente no post "coletando as referências da sua tese/dissertação de forma eficiente no ADS". (08/7/2009)

SCRIPTS ÚTEIS

Além do make.sh, existem alguns outros scripts que podem ser úteis. Os arquivos *.sh são shell scripts para linux/mac, enquanto os arquivos *.bat são scripts que devem ser executados num prompt de comando do windows.

clean.sh (linux/mac), clean.bat (windows)
"Limpa" o diretório da tese, apagando os arquivos que são gerados quando você "latequeia" a tese.

backup.sh (linux/mac), backup.bat (windows)
Cria uma cópia de segurança dos arquivos da tese, gerando o arquivo backup.tar. No windows é necessário instalar o programa 7-zip e alterar o caminho até o executável deste programa no arquivo .bat.

EDITORES AMIGÁVEIS DE LATEX

Eis as minhas sugestões:

Linux: Kile, Texmaker

Windows: Texmaker, TeXnicCenter

Mac OS X: TeXShop (ver também os editores listados aqui)

É claro que há também Emacs, VI, etc, porém o nome desta seção é editores amigáveis.

DICIONÁRIO DE PORTUGUÊS

É útil ter para fácil consulta um bom dicionário de português durante a escrita da sua tese. Para quem quiser (somente alunos do IF-UFRGS), está disponível a versão eletrônica do Dicionário Aurélio, que roda no windows (e também Linux e Mac OS X via Wine).

CONVERTER FIGURAS PARA FORMATO POSTSCRIPT

É comum você precisar converter figuras de um formato bitmap (e.g. jpeg, bmp, png, gif etc) para o formato postscript (eps, ps). Recomendo fortemente usar o programa sam2p para efetuar tal conversão. No (K)Ubuntu, tal programa está disponível via Synaptic.

O sam2p gera arquivos postscript com tamanhos *muito* menores que os gerados via outros métodos, tais como usando o programa convert (que acessa a biblioteca ImageMagick) ou GIMP.

POSSÍVEIS PROBLEMAS COM ACENTUAÇÃO NOS ARQUIVOS *.TEX

Se você abrir os arquivos *.tex para edição e constatar que os acentos foram substituídos por caracteres estranhos, ou se o mesmo problema acontecer após você latequear a tese, leia as instruções abaixo.

Convém abordar outro problema comum encontrado durante a redação da tese. Dependendo do sistema operacional que você usa para editar os arquivos-textos latex, eles são salvos com um sistema de codificação de caracteres diferente. Por exemplo, no windows e no Suse Linux o sistema padrão é ISO-8859-1; no (K)Ubuntu/Debian linux o sistema é o UTF-8. Se você salvar o arquivo no sistema UTF-8 e abrí-lo no notepad do windows, vai perceber que os caracteres aparecem corrompidos.

É importante manter uma consistência no sistema de caracteres dos arquivos *.tex. Você também pode precisar configurar o seu editor de texto predileto para que ele reconheça o sistema de codificação caso ocorram problemas. Por exemplo, no caso do Kile, basta acessar o menu Tools -> Encoding. Convém notar que o editor TeXnicCenter do windows suporta somente o formato ISO-8859-1 (sistema padrão do windows), por este motivo eu prefiro o Texmaker quando uso windows.

Caso você use um S. O. que salve os arquivos no formato UTF-8, como eu fiz, é necessário carregar o pacote utf8x (ver arquivo tese-main.tex).

Para converter a codificação dos arquivos de um sistema para o outro, basta usar o comando iconv no linux/mac. Por exemplo, o comando

iconv --from-code=ISO-8859-1 --to-code=UTF-8 iso.txt > utf.txt

converte do sistema ISO-8859-1 para o UTF-8.

HOMOLOGAÇÃO DA TESE (25/6/2009)

Um aviso: para "homologar" a sua tese ou dissertação, não é mais necessário passar pelo crivo da Zuleika na biblioteca. Somente teses/dissertações da PPG Ensino de Física precisam passar pela checagem de referências da Zuleika agora.